Из Вифанской семинарии. 3-й магистрант Исторического отделения XXVIII курса (1868-1872). Доктор церковной истории, член-корр. Императорской Академии наук.
С 1872 на кафедре древней гражданской истории МДА.
В 1874 удостоен степени магистра богословия за работу «Светские архиерейские чиновники в древней Руси» (М., 1874).
1894-1902 - городской староста Сергиева Посада.
В 1897 защитил докторскую диссертацию «Сношения иерусалимского патриарха Досифея с русским правительством (1669-1707)» (М., 1891).
В 1904 г. вышел в отставку.
В 1912-1917 гг. член IV Государственной Думы.
Николай Федорович Каптерев, 1847-1917: Некролог: Читано академиком М. А. Дьяконовым в заседании Отделения исторических наук и филологии 28 марта (10 апр.) 1918г. Пг.: Тип. Рос. Акад. наук, 1918. С. 741-748. Отт. из: Изв. Рос. Акад. наук. 1918.
Характер отношений России к православному Востоку в XVI и XVII столетиях. М., 1885.
Патриарх Никон и его противники в деле исправления церковных обрядов. М., 1887.
Докторская диссертация:
Патриарх Никон и царь Алексей Михайлович. В 2-х томах. Сергиев Посад, 1909, 1913.