Богословский факультет Афинского университета был одним из четырех факультетов, которые стали основой для создания университета в 1837 году. Первый выпуск факультета состоял всего лишь из восьми человек (всего тогда университет окончило 52 человека). Курс обучения на факультете всегда составлял четыре года. С 1923 года на факультет могут поступать девушки.

С ноября 1841 года факультет располагался в главном здании университета на Университетской улице. В 1931 году Элладская Православная Церковь передала Афинскому университету Введенский храм XI века (храм Капникарея) в центре греческой столицы. С тех пор в нем совершаются богослужения для профессоров и преподавателей университета. Он также служит местом прохождения богослужебной практики для студентов богословского факультета.

После Второй мировой войны потребности богословского факультета в учебных помещениях заметно увеличились. Поэтому для проведения занятий частично использовались аудитории юридического факультета. В сентябре 1976 года богословский факультет перебрался в свое собственное здание в новом Университетском городке (Панепистимиополис) у подножия горы Гиметус. В этом новом здании устроена часовня Святого апостола Павла.

В 1982 году факультет был разделен на два отделения: богословское и пастырское.

Факультет располагает фундаментальной библиотекой. При факультете действует музей библейской археологии. В 1979 году на богословском факультете был создан Центр синайских исследований, в распоряжении которого находятся микрофильмы практически всех рукописей библиотеки Синайского монастыря Святой Екатерины (около 3500 рукописей) и редких документов арабского и османского периодов (1742 документа).

С 1924 года богословский факультет выпускает в свет свой «Академический ежегодник», в котором публикуются труды профессоров и преподавателей факультета.

За первые сто лет существования факультета (1837-1937) здесь звание профессора получили тридцать три человека. В течение следующих пятидесяти лет (1937-1987) на факультете трудилось более пятидесяти пяти профессоров, восемь лекторов, двадцать ассистентов и научных сотрудников.

Представители богословского факультета традиционно принимают участие во всеправославных и межконфессиональных встречах, проводимых как в Греции, так и за ее пределами. Выпускниками факультета были Вселенские патриархи Василий III († 1929) и Фотий II († 1935), Александрийский Патриарх Николай V († 1939), Иерусалимские Патриархи Венедикт I († 1980) и Диодор († 2000), Румынский Патриарх Иустин († 1986), Кипрский Архиепископ Макарий III († 1977), многочисленные иерархи и священнослужители Элладской и Кипрской Православных Церквей. Студентом факультета был и святой Нектарий Эгинский († 1920).

Сегодня на богословском отделении факультета работают следующие кафедры: 1) герменевтики (библейских исследований), 2) истории, 3) систематического богословия, 4) патристических исследований, истории вероучения и символических текстов. На отделении трудится 25 преподавателей (14 ординарных профессоров, 2 экстраординарных профессора, 4 доцента и 5 лекторов). Общее количество студентов — 3100 человек.

На пастырском отделении (отделение социальной теологии) работают следующие кафедры: 1) христианского богослужения, развития и пасторской деятельности (греч. — Χριστιανικής Λατρείας, Αγωγής και Διαποιμάνσεως, англ. — Christian Worship, Development and Pastoral Care), 2) канонического права и византийского богословия до VIII века, 3) религиозного образования и социологии, 4) средиземноморской цивилизации и источников христианства. На отделении трудится 17 преподавателей (7 ординарных профессоров, 4 экстраординарных профессора, 3 доцента и 3 лектора). Общее количество студентов — 1600 человек.