Томаш Шпидлик родился в декабре 1919 года в городе Босковице, в тогдашней Чехословакии. В 1938 он поступил в университет города Брно на философский факультет, а годом позже — в новициат Общества Иисуса (иезуитов). Из-за войны Шпидлик смог закончить образование только в 1949 году, и тогда же был рукоположен во священника. С 1951 жил в Риме и работал на Радио Ватикана, ведя программы на чешском языке. В 1955 защитил докторскую диссертацию: сферой его научных интересов были патристика и восточное христианство, он был одним из ведущих католических богословов — специалистов по православной духовности. В течение 38 лет о. Шпидлик был духовником чешской семинарии в Риме.