Издательство Санкт-Петербургской духовной академии было официально зарегистрировано 22 августа 2013 года. Однако реально оно начало свою работу ещё в мае 2013 года, после встречи ректора, епископа Гатчинского (ныне митрополита Тверского и Кашинского) Амвросия (Ермакова), проректора по научно-богословской работе протоиерея Димитрия Юревича (ныне заведующего кафедрой библеистики СПбДА) и Дмитрия Владимировича Волужкова — директора издательства.
Первой книгой, выпущенной издательством, стало «Введение в Священное Писание Ветхого Завета» доцента кафедры библеистики СПбДА Д. Г. Добыкина в ноябре 2013 года. За десять лет работы издательство выпустило 70 книг, а также множество научных журналов и нотных сборников.
В 2017–2018 годах по предложению митрополита Амвросия издательство начало выпускать шесть научных журналов: «Труды кафедры богословия», «Вестник Исторического общества», «Труды и переводы», «Русско-Византийский вестник», «Палеоросия», «Актуальные вопросы церковной науки».
С 2017 года издательство ежегодно проводит научно-богословскую конференцию по церковному праву — «Барсовские чтения». Из конференции с февраля 2018 года зарождается научное Общество изучения церковного права им. Т. В. Барсова.
19 мая 2023 года, отмечая 10-летие, в академии отслужили молебен и провели круглый стол по истории, динамике и планам издательства.
Ректор академии епископ Петергофский Силуан произнёс речь: «Неслучайно преподобный Венедикт Нурсийский заповедует монахам, которые хотят жить благоугодно по его уставу, обязательно заниматься письменным мастерством. Мы знаем, что его завет ora et labora (“молись и трудись”) в дальнейшем получил распространение не только среди монахов Западной Европы <...> Так или иначе наша издательская деятельность тесно перекликается с трудами преподобных отцов, и мы видим в этом некую благую преемственность: издание книг святоотеческого наследия, книг, необходимых для духовного просвещения, учебных пособий является послушанием, которое было Церковью благословлено».
Епископ Силуан вручил почётные грамоты, подписанные митрополитом Калужским и Боровским Климентом, возглавляющим Издательский совет Русской Православной Церкви, «за труды, понесённые на ниве духовного просвещения и издательской деятельности» заведующему кафедрой библеистики протоиерею Димитрию Юревичу, проректору по научно-богословской работе протоиерею Константину Костромину, старшему преподавателю кафедры богословия священнику Максиму Никулину, священникам Петру Филонову и Максиму Тарасову, старшему преподавателю кафедры иностранных языков Санкт-Петербургского государственного университета О. В. Пржигодской; а также медали святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова «во внимание к трудам на благо Санкт-Петербургской духовной академии и в связи с 10-летием издательства академии» II степени — Ю. О. Муравской; III степени — В. В. Муравскому, Н. Н. Пимшиной, О. Б. Рыбаковой, Н. А. Тарнакину.
На круглом столе с участием приглашённых гостей епископ Силуан рассказал об истории развития издательской деятельности в духовных школах Северной столицы. Он отметил, что уже со второго выпускного курса, с 1817 года, и вплоть до конца 1820-х годов в академии регулярно издавались сборники студенческих работ и проповедей. Владыка обратил внимание присутствующих на дневники архиепископа Херсонского и Одесского Никанора (Бровковича), в которых тот вспоминает личность ректора академии — архиепископа Смарагда (Крыжановского).
Далее с небольшими выступлениями о возникновении и развитии научной издательской деятельности в новое время в академии выступили заведующий кафедрой библеистики протоиерей Димитрий Юревич, директор издательства Д. В. Волужков и проректор по научно-богословской работе протоиерей Константин Костромин.
Источник: Санкт-Петербургская духовная академия