Фреска была создана между 1545 и 1550 годами. Она находится в часовне Паолина, которая расположена в закрытой для посетителей части Апостольского дворца в Ватикане. Пятилетняя реставрация часовни и находящихся в ней двух фресок Микеланджело (кроме «Распятия св. Петра» там есть еще «Обращение св. Павла») завершилась 30 июня 2009 года.
Примечательно, что автопортрет Микеланджело на фреске с апостолом Петром однажды уже находили: им сочли стоящую справа внизу фигуру со скрещенными руками. Впоследствии эта гипотеза была отвергнута. Известно, что на украшающей Сикстинскую капеллу фреске «Страшный суд» Микеланджело запечатлел собственную карикатуру: святой Варфоломей держит содранную кожу человека, искаженное лицо которого и принадлежит художнику.