При подготовке законопроекта ко второму чтению Комитет Госдумы по образованию рассмотрел 1679 поправок, из которых 575 одобрил, а 1095 рекомендовал отклонить. За принятие законопроекта во втором чтении проголосовали 293 депутата.
Религиозному образованию посвящена статья 87 законопроекта под названием «Особенности изучения основ духовно-нравственной культуры народов Российской Федерации. Особенности получения теологического и религиозного образования». В данной статье закрепляется возможность включать в основные образовательные программы учебные курсы, «направленные на получение обучающимися знаний об основах духовно-нравственной культуры народов Российской Федерации, нравственных принципах, исторических и культурных традициях мировой религиии (мировых религий)» (ч. 1 ст. 87).
В ст. 87 законопроекта устанавливается требование проводить экспертизы примерных основных образовательных программ в части учебных курсов по изучению основ духовно-нравственной культуры народов Российской Федерации. Экспертизу должна осуществлять централизованная религиозная организация на предмет соответствия содержания этих курсов вероучению и традициям данной религиозной организации.
Централизованные религиозные организации должны привлекаться к учебно-методическому обеспечению курсов по изучению основ духовно-нравственной культуры, а также курсов, предметов и дисциплин в области теологии.
Ряд положений статьи касается частных образовательных организаций, учредителями которых являются религиозные организации, а также духовных образовательных организаций. Важно подчеркнуть, что они вправе устанавливать дополнительные условия приема учащихся, основания их отчисления и т.д., которые следуют из внутренних установлений тех религиозных организаций, в ведении каковых данные образовательные организации находятся.