На сегодняшний день в стране официально разрешено проводить два типа раскопок. Одни работы производится Израильским управлением древностей — это раскопки перед началом строительства любого объекта в стране. Другое направление — чисто научные раскопки, которыми занимается Университет, и иностранные экспедиции. Ученые из Университета копают, как правило, тели — холмы. Это учебно-научные раскопки, обычно после таких работ создается археологический заповедник, открытый для посещения всем желающим. При этом разрешение на археологическую работу в стране выдается департаментом древностей. Согласно официальным данным, к объектам, которые не отдаются под разрушение, относятся все археологические строения, независимо от их религиозной направленности. При их обнаружении стройка переносится на другое место, либо меняется план застройки таким образом, чтоб найденное осталось в полной сохранности.
Так, в ходе исследовательских работ перед застройкой в августе 2011 г. была найдена уникальная мраморная скульптура, предположительно древнегреческого героя Геркулеса. Статуя высотой около 1,5 м, по мнению ученых, относится ко II в. н.э. Стоит отметить, что находка подобного рода уникальна для Израиля. Статуя очень хорошо сохранилась, а мрамор не потрескался и не почернел. Кроме того, для II в. это крайне нестандартная высота для статуи полубога. Предположительно, белая мраморная статуя украшала бассейн в римских банях и стояла в нише. Археологи израильского Управления древностями также обнаружили сам бассейн, колодец и другие фрагменты комплекса. Однако о продолжении археологических работ с целью более глубокого изучения найденного нигде не сообщается.
Большую роль в научном мире играют раскопки дворца древних ханаанеев на западе современного Израиля, где в сентябре 2011 г. были открыты уникальные красочные фрески. В ходе исследования выяснилось, что они не только напрямую связаны с искусством мифического Лабиринта, но и являются древнейшими фресками Востока. Дворец Телль-Кабри, где были найдены фрески, раскопан на месте столицы одного из Ханаанских царств, процветавших в XIX-XVI вв. до н.э., в средний бронзовый век. Историками пока не установлено ни кто правил в этом дворце, ни даже как называлось само царство. Город был выгодно расположен: неподалеку от побережья, на одном из важнейших торговых путей древнего Ближнего Востока — Via Maris. Он соединял самые развитые цивилизации этого региона — Древний Египет, Месопотамию и минойский Крит, столицей которого был город Кносс, увековеченный в мифах Древней Греции как Лабиринт — обиталище легендарного Минотавра. Немецкий археолог Вольф-Дитрих Нимайер и его коллега Аарон Кемпински, раскапывавшие объект в конце 1980-х — начале 1990-х гг., полагают, что Телль-Кабри был столицей государства Рехов, которое упоминается в древнеегипетских документах. Американский археолог Эрик Клайн из университета Джорджа Вашингтона, перенявший у Нимайера руководство раскопками, доказал, что Телль-Кабри — один из древнейших дворцов среднего бронзового века, когда-либо найденных на территории не только Галилеи, но и всего современного Израиля.
Именно команда Нимайера и Кемпински первой наткнулась на пол дворца, покрытый тонким слоем штукатурки, имитирующей мрамор. «Эта техника росписи по мокрой штукатурке, без сомнения, эгейского происхождения. Она очень редка на древнем Ближнем Востоке, где предпочитали красить по сухой поверхности. К тому же, местные мастера употребляли нити в процессе покраски. Накладывая нить на мокрую штукатурку, художник получал идеально прямую линию», — рассказывает Клайн. Обследуя стену дворца Телль-Кабри и отколовшиеся от нее фрагменты, немецкие археологи обнаружили множество ярких изображений, сделанных углем, красной и желтой охрой. Проведенный спектрофотометрический анализ показал, что пигменты из Телль-Кабри — те же, что использовались во дворцах на минойском Крите и подконтрольном ему острове Тира (современный Санторини), где раскопан украшенный фресками «Западный дом». «Фрески и росписи Телль-Кабри — единственные примеры минойского искусства на территории современного Израиля. При этом они значительно старше образцов, найденных в Катне и Телль эль-Дабе. Но, несмотря на всю значимость объекта, раскопки в Телль-Кабри ведутся исключительно американскими и европейскими археологами. При этом институт древностей и Университет Израиля к данному историческому объекту интереса практически не проявляет.
Большим политическим скандалом обернулись раскопки на святой земле археолога Рони Райха. Профессор проводил исследовательские работы в Иерусалиме с 1995 по 2010 гг. и сделал важные открытия в районе источника Гихон. В этом месте были найдены построенные и вырубленные части водовода, относящегося к ханаанейскому периоду. Профессор Райх пришёл к ошеломляющему выводу: источник был окружён фортификационными сооружениями ещё в бронзовый период — 2-й средний бронзовый период (1750—1550 до н.э.). Найденная система не была, по мнению Райха, независимой, а является частью ранее найденной системы водоснабжения, известного по имени «шахта Уоррена», открытого Чарлзом Уореном (Charles Warren) в 1867 г.
Исследования профессора Райха противоречат каноническому утверждению, что маленький Иерусалим был захвачен и обустроен царём Давидом. Источник «Гихон» функционировал в пределах города за 800 лет до царя еще во времена ханаанейско-иевусейского поселения. Об этом говорит расположение туннелей и вновь открытых стен. Все это доказывает, что территория раннего города охватывала гораздо большую площадь, а, значит, Иерусалим еще до царя Давида был крупным городом с развитой системой коммуникаций. Опираясь на данные исследования, один из депутатов израильского кнессета Талеб ас-Санаа, араб по национальности, потребовал официально зафиксировать, что именно его предки — древние ханаанеяне, а не израильтяне, построили город на месте нынешнего Иерусалима. Это вызвало резкую критику и недовольство со стороны лидеров радикальных еврейских религиозных партий, которые в свою очередь предъявили обвинение профессору Райху за принижение роли царя Давида в мировой истории.
Исключительно важное значение, по мнению израильских ученых, имеет исследование района вокруг мечети Аль-Акса. Несмотря на протесты арабского мира, археологические работы возле мечети активно велись с 2007 г. и завершились только в сентябре 2011-го строительством нового тоннеля. По информации ИТАР-ТАСС, раскопки в данном месте в тайне проводились около 7 лет. По официальной версии Израиля, власти города не предавали исследования огласке по причине настороженного отношения арабов к любым работам, ведущимся на Храмовой горе. По мнению правительства Иерусалима, арабы воспринимают любые действия здесь как попытку «разрушить мечеть Аль-Акса». Опасаясь акций протеста, израильская полиция усилила меры безопасности в самом Старом городе и прилегающих кварталах и запретила доступ на Храмовую гору мужчинам-мусульманам моложе 45 лет.
Стоит отметить, что официальным поводом к началу раскопок послужил обвал моста в 2004 г. Как было сказано выше, любым строительным работам в исторических местах страны обязательно должны предшествовать археологические раскопки, поэтому израильские ученые приступили к активным исследованиям, затянувшимся на 7 лет.
Волна протеста в мусульманском мире поднялась практически сразу. Для последователей ислама Храмовая гора является третьей по значимости святыней после саудовских городов Мекка и Медина. Согласно мусульманской традиции, именно сюда перенесся из Мекки Пророк Мухаммед верхом на крылатом животном аль-Бураке, и отсюда вознесся он сквозь небесные сферы. Арабская общественность болезненно относится к любым ремонтно-строительным работам и археологическим раскопкам у Храмовой горы. Эти работы в мусульманском мире считают «псевдоархеологическими», разрушительными и угрожающими сохранности великой святыни. Арабы уверены, что раскопки ведутся с нарушением международного законодательства и представляют непосредственную угрозу целостности фундамента Аль-Аксы, став причиной трещин на западной и южной стенах мечети. Из-за подобных «археологических» работ также получили повреждения арабские дома в Старом городе, а в 2009 г. разрушилась часть школы при агентстве ООН по делам палестинских беженцев, поскольку здание находилось слишком близко к западной стене Аксы, где велись работы экскаватором.
Стоит отметить, что в сентябре 2009 г. израильский суд отклонил иск жителей Сильвана, которые жаловались на раскопки, разрушившие их дома. Кроме того, суд на год отменил запрет на раскопки в этом районе.
ЮНЕСКО призвала Израиль остановить начатые раскопки еще в феврале 2007 г. Вскоре после этого мэр Иерусалима вернул планы строительства пешеходного моста местным строительным комитетам для изучения альтернативных вариантов проекта.
Одновременно израильское Управление по делам древностей выдало арабскому исламскому тресту разрешение на проведение раскопок на Храмовой горе в рамках работ по ремонту линий электропередач. Этот факт вызвал гнев израильских археологов и иудеев, заявивших, что работы на столь важном историческом и археологическом объекте «осуществляются грубыми методами, раскопки ведутся при помощи тракторов, что наносит непоправимый ущерб святому месту, также отсутствует необходимое профессиональное наблюдение».
Израильские учёные считают, что, благодаря этим раскопкам, удалось поднять пласт истории примерно в 4000 лет, причём истории не только еврейской.
Древний тоннель представляет собой тесный канал длиной 700 м, который, как считают археологи, древние жители использовали для дренажных целей. Канал тянулся под улицей, которая со времён Ирода вела от южной части города практически до стены плача. В настоящее время эта улица скрыта более поздними культурными слоями, а также современными постройками.
В начале сентября 2011 г., несмотря на протесты мусульманских организаций, археологический проект был реализован и открыт для посещения туристов найденный в ходе работ древний тоннель.
Безусловно, для каждой страны изучение истории своего народа является приоритетной задачей в археологии. Так, глава сектора Москвы Института археологии РАН, доктор исторических наук Леонид Беляев справедливо отмечает, что «все государства мечтают с помощью раскопок обозначить свои корни и обосновать всякого рода претензии. Поэтому контроль над святыми местами всегда особенно привлекал ученых и политиков». На примере данных об археологических исследованиях в Израиле, можно предположить, что институт древностей Иерусалима старается прекратить не подтверждающие историю еврейского народа исследования или опровергнуть их достоверность. Вероятно, главным для израильских археологов является доказать историческое право своего народа на данный регион. При таком подходе нет ничего удивительного, что уникальные фрески и мраморная статуя интересуют главным образом американских и европейских ученых.