26 ноября 1899 пострижен в монашество, а через три месяца рукоположен во иеромонаха.
Для ознакомления с первоисточниками магистерской диссертации, он в том же 1900 был командирован в Константинополь сроком на полгода. По возвращении из Заграничной командировки просил Совет Академии ходатайствовать пред Св. Прав. Синодом назначить его по учебному ведомству. «Наиболее желанное место службы для меня Казань или Петербург. В Петербурге мне необходимо для изучения рукописей Преосв. Порфирия (Успенского), хранящихся в Академии Наук. Если нельзя будет служить в одном из указанных городов, прошу ходатайствовать о назначении меня в один из городов вблизи библиотек какой-нибудь из четырех Академий».
Его назначили на должность преподавателя Основного, Догматического и Нравственного богословия в Воронежскую семинарию. В 1902 утвержден в степени магистра богословия, представив соответствующую работу. А затем перешел в Санкт-Петербургскую Духовную Академию в звании доцента. В 1905 возведен в сан архимандрита и назначен экстраординарным профессором по кафедре Церковного права.
Он непрестанно выступал в публичных лекциях, беседах, диспутах в разных храмах столицы и на Выборгской стороне в лекционных помещениях Сампсониевского собора и на Стремянной в зале «Общества распространения религиозно-нравственного просвещения в духе Православной Церкви», в «Панинском Народном Доме» и пр. Активно участвовал в собраниях 32-х священников.
В 1906 его удалили из профессуры и сослали в Задонский монастырь, откуда он вернулся самовольно, за что был осужден и сослан в Валаамский монастырь.
23 октября 1907 года старообрядческий епископ Иннокентий присоединил молодого архимандрита к своей церкви. Синод лишил его сана архимандрита и права проживания в столицах. У старообрядцев появилась мысль возвести Михаила в сан епископа.
Старообрядческий «Освященный Собор» решил собрать о Михаиле сведения, но Иннокентий, не дожидаясь решения, единолично поставил его во епископы с титулом Канадского. Архиепископ Иоанн созвал 4.02.1909 «Освященный Собор», наложил епитимию на Иннокентия, а епископу Михаилу воспретил священнодействие до следующего очередного собора. Спустя полгода Собор Преосвященных вновь обсуждал дело о рукоположении епископа Михаила, разрешил Иннокентия; а Михаила направил на ту кафедру, на которую он был поставлен, то есть в Канаду.
Михаил отправился было в Америку, но за недостатком средств возвратился. Собор 31.08.1910 запретил ему священнослужение. Разрешение дано было только незадолго до его смерти.
В 1912 году находился в Риме. Было предположение, что его пребывание там связано с католическо-старообрядческой унией.
Кандидатура его на Казанско-Вятскую епархию был отклонена, поскольку он продолжал находиться под запрещением и ввиду его заявления, что он не совсем еще проникся духом старообрядчества и в Казанско-Вятскую епархию не пойдет.
Жил он литературным трудом, поселясь у сестры в Симбирске. Страдал нервным расстройством и сестра повезла его лечить 15.10.1916 в Москву. В ночь на 18 октября его обокрали. В лохмотьях он зашел в дом извозчика по 1-й Мещанской улице № 138, где его приняли за жулика и избили (сломали четыре ребра и ключицу). Его положили в больницу Старо-Екатерининскую как неизвестного. Только 27 октября родные разыскали его и перевезли в церковный дом на Рогожское кладбище, где в тот же день в два часа дня он скончался (после таинства Елеосвящения). Торжественно, по архиерейскому чину он был похоронен на архиерейских местах на Рогожском кладбище, где могила и крест его сохранились до настоящего времени.