Через 30 лет после основания в Москве Иерусалимского подворья, в 1848 г., его настоятелем был назначен иеромонах Виссарион с возведением в сан игумена. При нем состоялось устройство нового иконостаса главного престола, а также началась перестройка придела во имя Святого Апостола Филиппа.

Иконостас главного престола был спроектирован архитектором Корсаковым и утвержден еще в 1845 г[1].

По справке из канцелярии Митрополита Московского и Коломенского Филарета древний иконостас от долговременности пришел в ветхость и «угрожает обрушением»[2]. Он был освидетельствован архимандритом Высокопетровского монастыря Гавриилом, в его заключении отмечалось, что «ничего достопримечательного в отношении древности и отечественной истории в нем не сохранилось»[3]. Архимандрит Гавриил также привел список находящихся в храме икон с указанием их местоположения: «Кроме двух икон – Воскресения и Иверской Божией Матери, прочие - нового греческого письма, а именно: на Царских вратах - Благовещение Богоматери и четыре Евангелиста; над Царскими вратами – Тайная Вечеря в сиянии; на северных и южных дверях – Архидиаконы Стефан и Лаврентий; от оных к стенам по правую сторону: Патриархов Александрийских Афанасия и Кирилла, а по левую сторону – великомученика Евстафия Плакиды; над местными образами – двунадесятые праздники; над сиянием – образ Вседержителя на Престоле, по сторонам которого двенадцать Апостолов; выше – в середине – Воскресение Христово и две иконы двунадесятого праздника»[4].

Проект нового придела был в 1849 г. представлен на рассмотрение митрополитом Филаретом. Предполагалось соорудить с левой стороны новый придел симметрично с приделом Иерусалимской иконы Божией Матери. В письме Московский Митрополит просит разрешения на расширение придела святого апостола Филиппа в Воскресенской церкви за счет доброхотных подаяний. Особо он обращает внимание на то, что церковь эта была перестроена в 1818 и в 1819 гг. и поэтому не является древним и исторически значимым сооружением[5]. Представленный проект был рассмотрен и утвержден, стоимость постройки была определена в 2.500 руб. серебром[6].

В 1851 г. игумен Виссарион покидает Москву из-за конфликта с жандармским управлением. Из архивных материалов известно, что в еще августе 1850 г. был издан указ, в котором предписывалось игумена «выслать непременно за границу, как человека вредного, уведомить Святейший Синод о причинах удаления его из России»[7]. Позже игумен Виссарион проживал при Иерусалимской Патриархии в сане архимандрита[8].

Постройку придельного храма завершил следующий настоятель Иерусалимского Патриаршего подворья иеромонах Филарет[9]. Окончательное украшение вновь устроенного придела завершилось лишь к 1852 г., когда 20 сентября 1852 г. в день празднования Евстафия Плакиды, состоялось освещение приделов Воскресенской церкви Иерусалимского Патриаршего Подворья митрополитом Московским и Коломенским Филаретом (Дроздовым). В самый день освящения храма первосвятитель произнес перед прихожанами и гостями духовного торжества слово-беседу о соединении Русской Православной и Иерусалимской Церквей: «Кому близко к сердцу Отцепреданное имя единыя Святыя Соборныя и Апостольския Церквы: тому должно быть по сердцу совершившееся здесь ныне торжество освящения храма, как такое, в котором можно усматривать приятныя черты соединения Святых Божиих Церквей, ежедневно испрашиваемаго нами в молитвах»[10]. После вводного слова, Владыка перешел к оглашению истории устройства Патриаршего в Москве подворья и говорил о важности значения объединения Православных Церквей: «За несколько десятилетий пред сим Церковь Иерусалимская пожелала иметь здесь свой храм и Церковь Российская, с соизволения Благочестивейшаго Самодержца, предложила ей здесь храм и место для жительства священнослужителей. Усердие православных чад Церкви Российския споспешествовало благоустроению прежде бывшаго здесь храма, и устроению при нем жилищ для Иерусалимских священнослужителей, и ныне присовокупило к древнему новый храм. А Блаженнейший Патриарх Иерусалимский, на общение благотворительное ответствуя общением собственно церковным и священнодейственным, с коим к нашей мерности посланием изъявил желание, чтобы храм сей получил освящение от священноначалия Церкви Российския, что благодатию Божию ныне и совершилось… Приметим здесь, как я уже сказал, приятныя черты единства и общения Церквей, составляющих Святую, Соборную и Апостольскую Церковь. Но дабы не было сомнения, суть ли это верныя черты истиннаго единства, посмотрим,  как единство и общение Церквей определяется в Слове Божием…»[11]. Таким образом, основная тема, затронутая в слове митрополита Филарета, касается важности братских отношений между Церквями и их объединения в защиту Православия.

Восстановленный придел был освящен в честь святого апостола Филиппа, а древний придел получил двойное посвящение в честь Иерусалимской иконы Божией Матери и во имя святителя Николая Чудотворца. Такое двойственное посвящение было не частым явлением в российской храмостроительной практике.

В 1853 г. в храм Иерусалимского подворья Александрийским Патриархом Иерофеем II была передана святыня – часть мощей святого апостола Иакова - первого Иерусалимского иерарха. Она была привезена из Святой Земли известным русским путешественником и духовным писателем А.Н. Муравьевым[12].

В период управлением Иерусалимским подворьем архимандрита Филарета им были проведены значительные строительные работы на территории, принадлежащей Иерусалимской Патриархии. В 1860 г. на его территории возводится двухэтажный смешанный жилой дом. Здесь же в 1862 г. строится каменный двухэтажный, дом и на участке по Пречистенскому бульвару каменное одноэтажное жилое строение[13].

Настоятель Иерусалимского подворья в Москве Филарет, уже в сане архимандрита, за свои труды был призван в Иерусалим для возведения его в сан епископа, но, этому не суждено было случиться, так как до своего отъезда из Москвы архимандрит Филарет скончался. В ноябре 1869 г. он был погребен в московском Свято-Даниловом монастыре[14].

С 1870 по 1877 гг. настоятелем Иерусалимского подворья значился архимандрит Григорий Палама, полный тезка известного Византийского богослова.

Во время управления подворьем архимандрита Григория был разработан проект нового облика храма. Проектные чертежи были выполнены московским архитектором и инженером Василием Герасимовичем Залесским. Известный зодчий второй половины XIX – начала ХХ вв., В.Г. Залесский в своем творчестве мало обращался к церковной тематике, больше проектируя гражданские и фабрично-заводские постройки. Он прожил долгую жизнь и даже в ранее советское время (1920-е гг.) занимал профессорское место в Московском Высшем Техническом Училище[15].

В сохранившемся синодальном деле о перестройке Староиерусалимского подворья в Москве сохранились авторские чертежи инженера-архитектора В.Г. Залесского (план, разрез, фасад), датированные 4 мая 1876 г. Такой же копийный комплекс чертежей был представлен консисторией в Строительное отделение Московского губернского правления[16].

В своем проекте В.Г. Залесский предложил заменить облик Филипповского храма XVII в. стилизацией древних памятников византийской церковной архитектуры на Святой Земле. Митрополит Московский и Коломенский Иннокентий (Вениаминов) в своем донесении Святейшему Синоду представлял: «Настоятель Григорий Палама в прошении объяснил, что колокольня Старо-Иерусалимского подворья ветха и угрожает обрушением… Ввиду предупреждения несчастного случая, он решился, по предварительному согласию со своими высшим духовным начальством, снять упомянутую колокольню и воздвигнуть новую. Пользуясь оным случаем, решился так же возвысить стены зимней церкви, соединить ее с летней церковью и тем расширить внутреннее помещение храма, и фасаду его придать благообразный и строго-древне-византийский вид. Представив надлежащие по сему чертежи, архимандрит просит дать ему на означенные постройки разрешение»[17]. Невзирая на явное вмешательство в жизнь древнего памятника московского церковного зодчества, Строительное отделение Московского Губернского Правления, в которое были препровождены авторские чертежи на перестройку храма, утвердило его. Проект был возвращен в Консисторию для дальнейшего распоряжения. Московский генерал-губернатор в распоряжении от 3 июня 1876 г. уведомил, что никаких препятствий с его стороны к перестройке храма нет[18]. Архимандрит Григорий Палама так же получил согласие на перестройку храма от Иерусалимского Патриарха Иерофея, который писал в телеграмме, что «если найдутся средства перестраивайте колокольню»[19].

Казалось, что вопрос перестройки Воскресенской церкви в безликий псевдо-византийский памятник был согласован во всех инстанциях, и в том числе в Синоде, но вмешались обстоятельства совершенно секретного донесения из Москвы. В нем появляются подробности, объясняющие отказ в осуществлении перестройки церкви: «По секретным сведениям, настоятель архимандрит Григорий Палама перестройку эту затеял единственно с целью заложить подворье в каком-нибудь кредитном обществе, получив деньги, присвоить их себе. Палама, по слухам, никогда не принимал полного монашеского пострижения, а только рясофорный послушник, он магистр одного из немецких университетов; подозревается в зазорной связи с замужней женщиной, в подтверждение сей связи содержит ее за счет подворья; кроме того в своих речах постоянно высказывает недоброжелательство к Русскому Духовному Правительству. Поэтому настоящему представлению не давать никакого хода»[20]. Таким образом, архимандрит Григорий был отозван в Иерусалим и проект перестройки не был осуществлен и остался только на бумаге.

Иерусалимский Патриарх Иерофей в мае 1877 г. назначил новым настоятелем подворья архимандрита Никодима, который до этого назначения управлял святогробскими имениями в Бессарабии, имел возможность выучить русский язык и познакомиться с нашими обычаями и традициями. При нем были доделаны ремонтные работы древнего здания храма, в интерьере на стенах и на сводах была возобновлена живопись за счет церковного старосты Николая Петровича Крапоткина. Центральный иконостас, как и придельные, был поставлен под мрамор, а так же  для него были заново написаны иконы. Кроме того, архим. Никодим привез из Иерусалима для арбатского храма икону Божией Матери Гефсиманской.

Обновленный храм был заново освящен 13 сентября 1877 г., в праздник Обновления храма Воскресения Христова епископом Можайским Игнатием (Рождественским) в сослужении архимандритов Высокопетровского Григория, греческого Иверо-Николаевского Амфилохия, Иерусалимского Никодима (собственно, настоятеля подворья – А.Д.), Сербского Саввы, иеромонаха Афонского Пантелеймонова монастыря Арсения и священника Николаевской церкви в Хлынове[21].

В честь освящения церкви Воскресения Словущего Иерусалимский Патриарх Иерофей принес в дар храму подворье святые мощи: св. мч. Галактиона, св. мч. Харлампия, св. мч. Трифона, св. мц. Варвары. Позже были присланы и другие частицы святых мощей: св. Иоанна Милостивого, св. вмч. Никиты, св. бессребреников Космы, преп. Алипия и преп. мц. Параскевы Пятницы[22].

В 1878 г. в приделе Апостола Филиппа был сделан балдахин, под ним устроен бронзовый вызолоченный ковчег, в котором хранились частицы святых мощей в серебряных вызолоченных окладах, на крышке ковчега помещены иконописные изображения святых угодников. Помимо святых мощей в дар были принесены иконы Иерусалимской Божией Матери, Божией Матери «Гефсимианской», Успения Пресвятой Богородицы, «Ахтырской» Божией Матери, Божией Матери «Скоропослушницы»[23]. В 1880 г. для утепления Воскресенского храма в Филипповском переулке в церкви были устроены духовые печи[24].

Говоря о деятельности архимандрита Никодима нельзя не отметить выход в свет написанной им брошюры «Иерусалимское Патриаршее в Москве подворье, что у Арбатских ворот»(М., 1881), которая содержала в себе сведения об истории подворья, о его святынях и о настоятелях.

Впоследствии, в 1881 г. архимандрит Никодим стал епископом Фаворским (его архиерейская хиротония состоялась в Петербурге), а в 1883 г. был избран Синодом Иерусалимской Православной Церкви Блаженнейшим Патриархом Иерусалимским и всея Палестины (1883-1890 гг.). Во время своего Первосвятительства он активно противостоял католической и протестантской миссионерской деятельности на Святой Земле. Он же восстановил значительное количество храмов и монастырей и всей своей деятельностью укреплял Православие в Палестине.

Попутно отметим, что в это же время, в 1882 г., в России было образовано Императорское Православное Палестинское общество, призванное содействовать паломничеству, изучению палестинских древностей и в целом усилению русского влияния на Святой Земле. Благодаря деятельности этой организации было написано и издано большое количество академических трудов, посвященных Палестинской проблематике.

С 1884 по 1887 гг., после отъезда архимандрита Никодима в Палестину, настоятелем Иерусалимского подворья  в Москве был архимандрит Арсений.

В 1887 г. его перевели на должность помощника настоятеля Константинопольского подворья в приходе преп. Сергия в Крапивках, управление же Иерусалимским подворьем перешло к иеромонаху Мелетию, который осуществлял его до 1892 г.[25]

Во время его управления, в сентябре 1888 г. состоялось торжественное празднование двухсотлетия со дня постройки Филипповской церкви и семидесятилетие со времени основания Иерусалимского подворья. Было отслужено соборное праздничное всенощное бдение с пением пасхальных песнопений, а на следующий день при огромном стечении богомольцев были совершены водоосвящение и божественная литургия. О богослужении подробно писали в московской прессе, попутно делая экскурсы в историю подворья: «В нынешнем (1888 г.) исполнилось ровно 200 лет со дня основания храма во имя Воскресения Христова, что на Иерусалимском подворье. Первоначально на этом месте был загородный дом Св. Филиппа митрополита Московского…. В 1814 году этот храм… был приписан к церкви Святых Бориса и Глеба, а в 1818 году, по указу Императора Александра I, по просьбе Патриарха Иерусалимского Поликарпа, отдан для устроения здесь подворья. В последующее время он был перестроен, причем придел во имя Святого Николая был переименован во имя иконы Богоматери Иерусалимской. За последнее время стараниями отцов настоятелей подворья храм внутри был благолепно украшен. Сделаны во всех приделах мраморные иконостасы, пожертвована весьма ценная ризница и другие вещи»[26].

С 1892 г. по указу Святейшего Синода был изменен порядок управления заграничными православными подворьями в Москве. С этого момента всеми делами подворий занималась Московская контора Святейшего Синода[27].

В XX столетии в предреволюционный период настоятелем подворья был назначен святогробский архимандрит Афанасий. Во время его управления  в 1900-1902 гг. по его инициативе была произведена внутренняя перестройка храма подворья. В письме Московской Синодальной Конторы в Синод испрашивается разрешение на перестройку церкви: «В донесении… настоятель объяснил, что переустройство храма имеет заключаться главным образом в расширении внутренней каменной арки, поднятии свода исправлении духовой печи, замене ветхаго деревяннаго пола цементным и общем ремонте, на производство же работ собраны пожертвования от благотворителей. По составленной на ремонт смете потребная на него сумма исчислена в 6870 руб. 61 коп… Проектные чертежи были на разсмотрении в… Московском Археологическом Обществе и Строительном Отделении при Московском Губернском Правлении. Первое… уведомило, что препятствий к переустройству  и ремонту храма со стороны Общества  не встречается, а Строительный Отдел… возвратил проектные чертежи утвержденными. На основании Высочайше утвержденного в 24 день декабря 1892 г. доклада Святейшаго Синода об изменении порядка управления находящимся в Москве подворьями заграничных православных учреждений, Контора Святейшаго Синода о п р е д е л и л а: ходатайство… архимандрита Афанасия предоставить на начальственное распоряжение Святейшаго Синода вместе с утвержденными проектными чертежами, при сем донести, что Контора… посчитала бы это ходатайство заслуживающим уважения»[28].

Были сделаны расширение внутренней арки, подняты своды главного алтаря и храма, исправление духовой печи, замена ветхого деревянного пола цементным[29]. Вероятно, тогда же некоторые поверхности стен храма были расписаны в традициях «васнецовского» стиля, широко распространившегося после росписи Киевского Владимирского собора и ставшего, пожалуй, самым излюбленным в русской храмовой живописи конца XIX – начала XX вв. В настоящее время интерьер храма расписан масляной живописью, при этом в росписи сочетается как академическая традиция XVIII – XIX вв., так и «васнецовский» стиль.

Вероятно, после этого ремонта храм был освящен. Во всяком случае, в Московских церковных ведомостях имеется заметка следующего содержания: «13 сентября [1902 г. в Престольный праздник Обновления храма Воскресения Христова – А.Д.] на Иерусалимском подворье было совершено освящение главного храма в честь Воскресения Христова, великолепно отделанного внутри усердием благотворителей. Освящение, а затем богослужение по чину Св. Пасхи совершали оо. архимандриты, представители восточных патриархов: Афанасий, Иаков и Дионисий, с прочим духовенством при многочисленном стечении молящихся»[30]. Как и ровно 25 лет назад, когда в тот же день храм освящался после очередного ремонта, на освящении храма служили представители нескольких православных поместных церквей. Вероятно, это было обусловлено подворским статусом храма. Правда, в отличие от ситуации 25-летней давности, на сей раз освящение состоялось иерейским чином.

Проектировал строительство московский архитектор, мастер русского модерна Г.П. Евланов[31]. На западной стороне была помещена мраморная памятная доска с надписью о реставрационных работах в храме при архимандрите Афанасии на русском и греческом языках.

Получивший архитектурное образование в 1899 г., Георгий Павлович Евланов, служил в Строительном отделение Московского губернского правления в должности сверхштатного техника. Известно, что в начале своей деятельности Г.П. Евланов работал у признанного мастера архитектуры Р.И. Клейна. Исследователи «русского модерна» отмечают работы Г.П. Евланова для Иерусалимского Патриаршего подворья, в которых он «демонстрировал характерные для Москвы черты модерна – статичность общей композиции, применение в отделке абрамцевской «акварельной» плитки и выразительного кованного металла. Его постройки хорошо прорисованы, а детали свидетельствуют о декоративном даровании автора»[32].

Таким образом, работы по храму Иерусалимского подворья касались, главным образом, интерьера здания и во многом определили тот его историко-художественный облик, который мы можем наблюдать и сейчас.