Журнал издается с 1959 г. До 1984 г. выходил как серия «Общественные науки» в рамках «Известий СО АН СССР». С 1984 по 1993 г. – как серия «История, филология, философия». С 1994 г. получил новое название «Гуманитарные науки в Сибири». В 1994—2009 гг. журнал специализировался на публикации материалов по истории, археологии, этнографии, филологии и философии. С 2010 г. по решению Объединенного ученого совета по гуманитарным наукам СО РАН профиль журнала изменен с более широкого круга общественных наук до следующих специальностей: «отечественная история», археология», «этнография и этнология», «историография, источниковедение и методы исторического исследования».

Соучредители издания – Сибирское отделение РАН и Институт истории СО РАН.

Журнал включен в Перечень ведущих рецензируемых научных журналов, которые выпускаются в Российской Федерации и в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученой степени доктора и кандидата наук; в Российский индекс научного цитирования (РИНЦ); в международные базы данных Ulrichs и EBSCO; в рассылку международной компании «EastViewInformationServices, Inc.».

Сайт журнала